集美大学最好专业包括 食品科学与工程和 水产，这两个专业在教育部全国第四轮学科评估中均被评为C+，被认为是集美大学最强的优势专业，也是就业前景非常好的专业。此外，集美大学的 航海技术、 水产养殖学、 轮机工程等也是国家级特色专业，全国排名靠前。

建议根据个人兴趣和职业规划选择专业，食品科学与工程专业适合对食品科学和工程领域感兴趣的学生，而水产专业则适合对海洋生物学和水产养殖技术感兴趣的学生。航海技术、水产养殖学、轮机工程等国家级特色专业也具有很高的就业前景和竞争力。