南京在滁州建设的大学包括：

南京工业大学：

在滁州市南谯区科创城建立了新校区。

南京农业大学：

与滁州市人民政府签署全面战略合作协议，并启动了滁州科教创新园项目。

安徽科技学院：

与滁州市签约，研究生院（乌衣镇）已启动筹建工作。

南京信息工程大学：

在滁州天长市设有校区，并且正在建设中。

滁州学院：

位于滁州市区。

滁州职业技术学院 和 滁州城市职业学院：

两所职业院校。

因此，南京在滁州建设的大学至少有 四所，如果算上职业院校，则共有 六所。