复旦大学在其发展历程中，至少合并了 17所大学的学科或整体。具体合并情况如下：

同市的交通大学和同济大学的文理学科。

华东其他地区的浙江大学、南京大学、安徽大学等的文理相关专业。

全国范围内的圣约翰大学、震旦大学、大同大学、沪江大学等民国时期著名大学的师资。

1952年全国院系调整时，复旦大学的生物系海洋组并入了山东大学水产系。

2000年，复旦大学与上海医科大学合并。

这些合并和整合大大提升了复旦大学的实力，对复旦的发展起到了重要推动作用。